تعليم ادارة ملفات المشاريع البرمجية

لدي مشاريع عبارة عن PHP Script اشتريها من codecanyon واسلمها لمبرمجين محترفين يطوروا فيها بعض الادوات، ولكن بعد استلام العمل اطلب منهم تقرير بالملفات التي تم تغييرها ويقولون من الصعب معرفة كل شيئ لانه يتم التغيير في اكثر من ملف، والافضل استبدال الملفات كاملة,

هذا الامر يشكل بالنسبة لي مخاوف كثيرة من زرع اكواد برمجية يتم التحكم بها من خارج الموقع مستقبلاً وايضاً يصعب عليا تعديلها او معرفة اين تمت التعديلات لحذفها اذا احببت الاستغناء عنها.

المطلوب: شخص يعلمني كيف استطيع معرفة كل التغييرات التي حدثت للموقع او للملفات وقاعدة البيانات ، واذا هناك ادوات او مواقع تكشف عن التغييرات التي حدثت للنسخة الاولى والنسخة الجديدة

في اعتقادي هناك كثير ادوات تقوم بذلك ولكني قد لم اصل لها او لا اعرفها