تحليل RNA-seq لدراسة استجابة مستقبل الأندروجين في سرطان البروستاتا

مشروع تحليل RNA-seq لدراسة التغيرات الجينية الناتجة عن تنشيط مستقبل الأندروجين في خلايا سرطان البروستاتا بعد المعالجة بالأندروجين الصناعي R1881.

تم تنفيذ التحليل على خطي خلايا بشريين:

LNCaP

LAPC4

وتحت حالتين بيولوجيتين:

بدون علاج (Control)

بعد العلاج بالأندروجين (R1881 – 10 nM)

بإجمالي 11 عينة RNA-seq مع مكررات بيولوجية.خطوات التنفيذ

فحص جودة البيانات باستخدام FastQC

تنظيف البيانات وإزالة الـ adapters الخاصة بـ Illumina باستخدام Cutadapt

محاذاة القراءات إلى الجينوم البشري GRCh37 (hg19) باستخدام STAR

عدّ القراءات باستخدام FeatureCounts

تحليل التعبير الجيني التفاضلي باستخدام DESeq2

تحليل المسارات الحيوية باستخدام GSEA (MSigDB Hallmark

النتائج الرئيسية

تفعيل قوي لمسار HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE بعد العلاج

تنشيط مسارات مرتبطة بالنمو والانقسام الخلوي مثل:

mTORC1 signaling

E2F targets

MYC targets

رصد جينات رئيسية مستجيبة للأندروجين مثل:

FKBP5، KLK3، TMPRSS2، SGK1

تثبيط نسبي لمسارات EMT، مما يعكس طبيعة الاستجابة الهرمونية للخلايا