تحليل RNA-seq لاكتشاف آليات مقاومة العلاج في سرطان الرئة (FGFR1 & EGFR)

تحليل بيانات RNA-seq لدراسة آليات مقاومة العلاج الموجّه (EGFR-TKI) في خلايا سرطان الرئة غير صغيرة الخلايا (NSCLC) باستخدام بيانات عامة من GEO/SRA.

تم تنفيذ المشروع لإعادة تحليل تجربة منشورة في مجلة Oncogene (Nature Publishing Group)، مع التركيز على خط الخلايا PC9 (EGFR exon 19 deletion) تحت ثلاث حالات بيولوجية:

خلايا بدون علاج (Control)

علاج مبكر بـ Gefitinib (يوم واحد)

علاج متأخر بـ Gefitinib (14 يوم)

خطوات التنفيذ:

تحميل بيانات FASTQ من قواعد بيانات SRA و ENA

فحص الجودة باستخدام FastQC / Falco

تنظيف البيانات وإزالة الـ adapters باستخدام Cutadapt

محاذاة القراءات للجينوم البشري (hg19) باستخدام STAR

عدّ القراءات باستخدام FeatureCounts

تحليل التعبير الجيني التفاضلي باستخدام DESeq2 في R

تحليل المسارات الجزيئية باستخدام GSEA

إنشاء الرسوم التحليلية (PCA، Heatmap، Volcano plots)

النتائج الرئيسية:

رصد ارتفاع معنوي جدًا في تعبير FGFR1 في العلاج المتأخر مقارنة بالكنترول

إثبات أن تنشيط FGFR1 يمثل آلية تكيف طويلة الأمد مرتبطة بمقاومة العلاج

فصل واضح بين العينات في تحليل PCA، مما يؤكد جودة التصميم التجريبي والتحليل

? هذا المشروع يُظهر القدرة على تنفيذ تحليل Bioinformatics متكامل من البيانات الخام حتى الاستنتاج البيولوجي.