Phylogenetic trees

الخطوة 1: جمع البيانات

قمت بجمع تسلسلات الحمض النووي من الأنواع المستهدفة، Diplodus sargus و Diplodus vulgaris. لقد حصلت على هذه التسلسلات من قواعد بيانات الحمض النووي العامة مثل NCBI GenBank.

الخطوة 2: محاذاة التسلسلات

استخدمت برنامجًا مثل MUSCLE أو ClustalW لإجراء محاذاة متعددة للتسلسلات. تأكدت من أن التسلسلات محاذاة بشكل صحيح وأن المناطق المحافظة والمتغيرة موزعة بشكل مناسب.

الخطوة 3: تنقية المحاذاة

بعد المحاذاة، نظفت البيانات لإزالة المناطق غير المتناسقة أو ذات التغاير الشديد الذي يمكن أن يشوه التحليل الفيلوجيني.

الخطوة 4: اختيار النموذج الإحصائي

استخدمت برامج مثل DNAsp5 و Ugene لتحليل بياناتي.

الخطوة 5: بناء الشجرة

باستخدام النموذج الذي اخترته، قمت بتشغيل برنامج مثل MEGA، لبناء الشجرة الفيلوجينية. قد يتضمن هذا استخدام طرق مثل الحد الأقصى للمصداقية أو الجيران المتلاصقين.

الخطوة 6: تقييم دقة الشجرة

للتحقق من دقة الشجرة، أجريت تحليل Bootstrap أو تحليل الاحتمال المركب للتأكد من أن العقد قد تم دعمها بشكل كافٍ.

الخطوة 7: تحليل وتفسير النتائج

بعد تشكيل الشجرة، قمت بتفسير النتائج، ملاحظًا العلاقات بين الأنواع ومناقشة النتائج في سياق المعرفة البيولوجية الموجودة.

الخطوة 8: تحضير الرسم البياني

أخيرًا، استخدمت برنامجًا مثل FigTree أو أداة مماثلة لتنظيم الشجرة وتصميمها لتكون جاهزة للنشر، مما أتاح لي عرض العقد والتسلسلات بوضوح.